В структуру УрГУПС входят следующие территориальные подразделения:
Челябинский институт путей сообщения - филиал УрГУПС (ЧИПС УрГУПС)
Курганский институт железнодорожного транспорта - филиал УрГУПС (КИЖТ УрГУПС)
Пермский институт железнодорожного транспорта - филиал УрГУПС (ПИЖТ УрГУПС)
Филиал УрГУПС в г. Нижнем Тагиле
Колледж железнодорожного транспорта УрГУПС